Universitas HKBP Nommensen mempunyai lambang yang terdiri dari Salib di atas Alkitab di dalam Bola Dunia, Pro Deo et Patria ditulis di sebelah atas, padi dan kapas pada tatanan sebelah kiri, mahkota duri pada tatanan sebelah kanan, dan huruf N yang dililiti pita bertuliskan Universitas HKBP Nommensen di bagian bawah. Warna dasar adalah biru langit, padi, salib, pinggir dan tulisan pada Alkitab berwarna kuning emas, kapas dan Alkitab berwarna putih dan mahkota duri berwarna cokelat tua.
Makna yang tergantung dalam lambang tersebut adalah:
1. Pro Deo et Patria berarti untuk Tuhan dan Ibu Pertiwi
2. Bola dunia berarti kehidupan
3. Padi dan kapas berarti keadilan sosial
4. Huruf N berarti Nommensen
5. Lilitan pita berarti pelayanan tanpa pamrih
6. Warna dasar biru berarti cakrawala pendidikan
Bendera Universitas, berbentuk empat persegi panjang dengan ukuran 160 x 240 Cm, di tengah-tengah diletakkan lambang, di pinggir di buat rambu-rambu berwarna kuning emas, di bagian atas lambang ditulis Universitas HKBP Nommensen, dengan warna dasar biru langit.