Selama dua tahun bekerja, panitia tersebut mempersiapkan alat-alat perlengkapan yang dibutuhkan yaitu kompleks universitas (gedung untuk ruangan kuliah termasuk sidalamnya perumahan staf pengajar) di bekas Kompleks Rumah Sakit Pantoan milik Marjanji Estate Pematang Siantar, yang dibeli karena konsesinya telah berakhir. Pada tanggal 7 Oktober 1954, bertepatan dengan Ulang Tahun ke-73 HKBP, Universitas HKBP Nommensen diresmikan. Waktu pembukaannya, Universitas ini memiliki tiga (3) Fakultas yaitu:
-
Fakultas Hukum dengan jumlah mahasiswanya delapan belas (18) orang. Karena kesulitan tenaga dosen, pada tahun 1955 fakultas ini terpaksa ditutup. Akan tetapi untuk memenuhi permintaan masyarakat, pda tahun 1980 fakultas ini dibuka kembali di kampus Medan.
-
Fakultas Ekonomi dengan jumlah mahasiswa enam belas (16) orang.
-
Fakultas Theologia dengan mahasiswanya dua (2) orang. Tetapi pada tahun 1978 fakultas ini sesuai dengan keputusan sinode godang, berdiri dan langsung diasuh oleh pucuk pimpinan HKBP sebagai Sekolah Tinggi Teologia.
Kemudian menyusul dibuka Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik tahum 1961, FKIP tahun 1962, Fakultas Teknik tahun 1975, Fakultas Peternakan tahun 1976, Fakultas Pertanian tahun 1984, Fakultas Bahasa dan Seni tahun 1987, Fakultas psikologi tahun 2001, dan Program Pasca Sarjana tahun 2003.