Program Pasca Sarjana (S2) diselenggarakan berdasarkan izin surat keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 3824/D/T/2003, tanggal 20 November 2003, ditandatangani oleh direktur jendral Pendidikan Tinggi Republik Indonesia. Sampai saat ini Program studi yang dikelola oleh Unit Pengelola Program Studi Magister adalah 5 Prodi yaitu:
1. Program Studi Magister Manajemen(Jenjang pendidikan S-2)
2. Program Studi Magister Pendidikan Bahasa Inggris (Jenjang pendidikan S-2)
3. Program Studi Magister Ilmu Administrasi (Jenjang pendidikan S-2)
4. Program Studi Magister Hukum (Jenjang pendidikan S-2)
5. Program Studi Magister Pendidikan Matematika (Jenjang pendidikan S-2)
Visi, misi, tujuan dan sasaran (VMTS) Program Sarjana Universitas HKBP Nommensen (UHN) dirumuskan selaras dengan visi, misi, tujuan dan sasaran Program Pascasarjana (PPs) dan Universitas. Rumusan visi ini disusun dengan mempertimbangkan segala potensi yang ada dengan mengikuti perkembangan dan kebutuhan masyarakat dalam bidang pendidikan. Semua ini terangkum dalam misi PPS-UHN untuk dapat mencapai tujuan dan sasaran yang disusun dalam suatu keterkaitan dan keselarasan yang utuh. PPs memiliki tata pamong yang diadaptai sesuai kriteria kredibilitas, transparansi, akuntanbilitas, bertanggungjawab, dan adil. Tata kerja setiap komponen program studi telah ditetapkan berdasakan tugas pokok dan fungsi yang jelas. Penjaminan mutu tingkat program studi telah diupayakan secara efektif dengan cara pengkajian kurikulum, monitoring dan evaluasi perkuliahan, dan monitoring bagi dosen dan mahasiswa dan membuat dokumen mutu seperti Standar Operasional Prosedur (SOP).
Kerjasama dengan pengguna lulusan akan terus dijajaki dan ditingkatkan guna memberikan feed back yang bertujuan demi perbaikan dan peningkatan kualitas lulusan, melalui revisi kurikulum. Mengoptimalisasi kerjasama yang saling menguntungkan dengan mitra dan mengupayakan perluasan jaringan mitra, sehingga dapat mendatangkan manfaat bagi kedua pihak. Pada dua tahun terakhir, animo masyarakat untuk study lanjut di PPs UHN cukup baik yang menunjukkan bahwa tingkat kepercayaan masyarakat pada PPs UHN cukup baik. Hal ini terbukti dengan penyelenggaraan penerimaan mahasiswa baru dapat berlangsung setiap semester. Indeks Prestasi Semester (IPS) yang telah diraih oleh mahasiswa rata-rata adalah 3,55. IPK rata-rata ini menunjukkan bahwa ditengah-tengah kesibukan mahasiswa dalam pekerjaannya, mereka pada umumnya masih menyediakan waktu untuk mempelajari dan memahami lebih jauh seluruh materi yang diterima, agar pada saat ujian memberikan hasil yang terbaik. Kelemahan program studi ini adalah masih adanya mahasiswa yang belum secara tepat membagi waktu untuk kepentingan belajar, sehingga masih terdapat beberapa mahasiswa hasil IPK-nya belum maksimal. PPs ini melakukan studi pelacakan alumni secara berkesinambungan, terutama melalui penggunaan teknologi informasi, seperti email dan media sosial lainnya.
Penerimaan dosen dan tenaga kependidikan melalui sistem seleksi dan rekrutmen yang transparan dilakukan di tingkat universitas dengan masukan dari PPs. Jumlah dosen yang masih tergolong dalam usia produktif sangat mendukung kinerja dan pengembangan program Pascasarjana . Ditinjau dari bidang keilmuan, latar belakang pendidikan dosen tetap di tiap prodi di PPs – UHN pada umumnya relevan. Disisi lain, komitmen dosen dan tenaga kependidikan cukup tinggi untuk memajukan program studinya masing-masing. Hal ini ditandai dengan kehadiran dosen dalam perkuliahan, pembimbingan mahasiswa. Pelayanan administrasi kepada mahasiswa dilakukan oleh tenaga kependidikan, dan adanya motivasi dari pimpinan terhadap tenaga kependidikan dalam bekerja
Selanjutnya, bahwa kurikulum di setiap Prodi telah disusun secara sistematis demi mewujudkan VMTS program studi dengan memperhatikan tuntutan dan kebutuhan stakeholders, dan berorientasi dengan kebutuhan skill dunia kerja. Kurikulum PPs – UHN didesain sesuai dengan Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI), yaitu dengan memberi muatan pengembangan sikap, pengetahuan, dan ketrampilan untuk menghasilkan lulusan yang kompeten di bidang Manajemen (MM), di bidang pendidikan bahasa Inggris (M.Pd), bahkan Mahasiswa di bidang Ilmu Administrasi(MIA) , khususnya Administrasi Publik dan di bidang Ilmu Hukum (MH) sangat kompeten di pekerjaannya setelah mulai kuliah study lanjut . Dengan demikian, para mahasiswa yang akan menamatkan pendidikannya diharapkan mampu bersaing sesuai tuntutan perkembangan ilmu pengetahuan dan kebutuhan masyarakat. Pengembangan komponen kurikulum, pembelajaran, dan suasana akademik terus diupayakan karena mengingat tantangan yang semakin berat, antara lain tuntutan dunia kerja terhadap kualitas pembelajaran semakin meningkat.
Sistem akuntabilitas melalui mekanis pengendalian anggaran telah dijalankan oleh institusi UHN dengan baik sesuai dengan ketentuan yang berlaku. Pembiayaan program studi diperoleh dari Yayasan UHN melalui Anggaran Pendapatan dan Belanja (APB) UHN yang disusun dan disahkan senat UHN setiap tahun akademik. Keterlibatan PPs dan program studi dalam penetapan biaya pengelolaan anggaran adalah melalui penyusunan rencana APB Prodi sesuai kebutuhan dan rencana program kerja setiap tahun akademik.
Dilihat dari sisi penelitian/pelayanan dan pengabdian pada masyarakat, rata-rata dosen PPs UHN telah melaksanakan penelitian dan pengabdian pada masyarakat. Dalam , penelitian ini dosen tidak hanya mandiri, selain peelitian dosen yang mandiri, dosen juga berkolaborasi dengan mahasiswa dalam proses penelitian dan pengandian kepada masyarakat. Kelemahan lainnya dalam bidang penelitian adalah sebagian dosen tetap memiliki beban mengajar yang relatif tinggi. Akibatnya, jumlah penelitian terbatas dan yang berimplikasi pada terbatasnya jumlah publikasi karya ilmiah Dosen program studi. Disatu sisi tuntutan akan publikasi karya ilmiah Dosen sangat dituntut/ diwajibkan, baik yang dipublikasikan di jurnal lokal, nasional, terakreditasi atau tidak terakreditasi, maupun pada jurnal internasional, terutama jurnal internasional bereputasi, bahkan yang terindeks scopus. Rektor juga memotivasi dosen untuk mempublikasi tulisannya di jurnal-jurnal Internasional, dengan cara memberikan penghargaan bagi dosen yang aktif menulis.
Pengabdian kepada masyarakat sudah berjalan dengan baik, namun kelemahannya adalah bentuk pengabdian belum sepenuhnya mengimplementasi dan mengimplikasi hasil penelitian yang dilaksanakan dosen. Untuk itu, penelitian diarahkan pada tema yang dapat ditindaklanjuti dengan pengabdian kepada masyarakat. Sementara itu, proses kerjasama yang dilaksanakan selama ini sudah berjalan salah satunya direalisasikan dengan baik dengan mengadakan Pengabdian kepada masyarakat. Secara kuantitatif proses kerjasama, khususnya oleh Prodi akan terus ditingkatkan, yang tujuannya turut mencerdaskan dab mensejahterakan rakyat, dan juga mendukung peningkatan peringkat akreditasi prodi di PPs – UHN .