Universitas HKBP Nommensen dengan tiga fakultas, yaitu Fakultas Ekonomi, Fakultas Hukum, dan Fakultas Teologia berdiri pada tanggal 7 Oktober 1954 di Pematangsiantar. Dengan demikian tanggal 7 Oktober adalah merupakan hari lahir atau Dies Natalis Universitas HKBP Nommensen yang sekaligus juga merupakan Dies Natalis ketiga-tiga fakultas tersebut. Namun demikian hanya Fakultas Ekonomi yang seusia dengan Universitas HKBP Nommensen karena Fakultas Hukum pernah ditutup tahun 1956 (baru dibuka kembali tahun 1980) dan Fakultas Teologia juga ditutup belakangan dan disatukan dengan Sekolah Tinggi Teologia (STT) HKBP tahun 1978. Dengan demikian, Dies Natalis Universitas HKBP Nommensen adalah juga Dies Natalis Fakultas Ekonomi.
Pada tahun 1955, Fakultas Ekonomi pindah ke Medan karena kesulitan dosen. Sekitar tiga tahun menyewa gedung (gedung Orange School atau Beatrix School selama beberapa bulan dan gedung SMA Prayatna sekitar dua tahun) untuk tempat kuliah dan administrasi. Pada paroh kedua tahun 1958 dibangun suatu gedung perkuliahan milik sendiri dan pada September tahun itu juga diresmikan penggunaannya. Inilah sejarah awal berdirinya kampus Universitas HKBP Nommensen (UHN) yang berlokasi di Jalan Sutomo Medan, kampus yang sekarang. Sejak pembukaan hingga tahun 1967, pelaksanaan administrasi perkuliahan masih berpusat di Pematangsiantar karena masih ada Fakultas Teologia dan dibukanya Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP), namun akhirnya dipindahkan ke kampus Medan sejak tahun 1968.
Fakultas Ekonomi UHN merupakan Fakultas Ekonomi tertua bukan hanya di Sumatera Utara tetapi juga di luar Pulau Jawa. Pada tahun 1956, Fakultas Ekonomi UHN menjadi salah satu dari tiga universitas di Indonesia yang mendapat bantuan dari Ford Foundation, Amerika Serikat karena dinilai bermutu tinggi. Bantuan ini sangat bermanfaat dan menjaga kelangsungan hidup fakultas. Dua universitas lainnya berada di Pulau Jawa, yaitu Universitas Indonesia (UI) dan Universitas Gajah Mada (UGM). Bantuan yang diberikan Ford Foundation ketika itu adalah berupa: (1) pengiriman 8 orang dosen (7 diantaranya adalah Profesor) dengan masa tugas antara satu hingga dua tahun (1957-1964), (2) pengiriman 17 orang mahasiswa (lulusan Sarjana Muda atau Sarjana Lengkap) dan dosen Fakultas Ekonomi Universitas HKBP Nommensen untuk studi lanjut ke sejumlah universitas terkenal di Amerika Serikat (1957-1974), serta (3) pengadaan berbagai buku dan alat perlengkapan pendidikan.
Pada dasawarsa 1960-an, Fakultas Ekonomi Universitas HKBP Nommensen bersama-sama dengan Fakultas Ekonomi Universitas Indonesia dan Fakultas Ekonomi Universitas Gajah Mada dipercaya oleh pemerintah menjadi anggota Konsorsium Ilmu-Ilmu Ekonomi, yaitu sebagai perencana kurikulum dan pengembangan pendidikan ilmu-ilmu ekonomi di Indonesia.
Sebenarnya penentuan jurusan di Fakultas Ekonomi baru dilaksanakan tahun 1959 sehubungan dengan dibentuknya Dewan Akademik pada tahun itu. ”Pada waktu itulah dilakukan pembagian jurusan di Fakultas Ekonomi, yakni Jurusan Umum/Inti dan Jurusan Perusahaan (kemudian ditambah lagi dengan Jurusan Akuntansi)” (Purba, 2012: 26-27). Memang mulai tahun 1954, arah kurikulum lebih condong pada Ekonomi Inti/Umum sehingga jurusan yang pertama dibentuk adalah Jurusan Ekonomi Inti/Umum (sekarang disebut Program Studi Ekonomi Pembangunan). Berikutnya adalah Jurusan Perusahaan (sekarang disebut Program Studi Manajemen) dan terakhir adalah Jurusan Akuntansi (sekarang disebut Program Studi Akuntansi). Ketiga jurusan inilah yang ada dibawah naungan Fakultas Ekonomi lebih dari 5 dasawarsa. Sementara itu, Program Studi Diploma Tiga (D-3) Administrasi Perpajakan dari Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik dialihkan pengelolaannya ke Fakultas Ekonomi sejak Semester Genap T.A. 2009/2010 berdasarkan SK Rektor No: 185/SK/R/III/2010. Dengan demikian, Fakultas Ekonomi memiliki tiga program studi jenjang strata satu (S1) dan satu program studi jenjang program diploma (D-3). Dan dalam rangka peningkatan strata, akhir semester ganjil T.A. 2018/2019 sudah diusulkan kepada pemerintah (Dirjen Pendidikan Tinggi) agar D3 Administrasi Perpajakan dapat meningkat menjadi Program Diploma Empat (D4).
Berdasarkan keputusan Badan Akreditasi Nasional Pendidikan Tinggi (BAN-PT), semua program studi yang ada di Fakultas Ekonomi telah terakreditasi dengan Peringkat B. Program Studi Ekonomi Pembangunan terakreditasi dengan Peringkat B (Keputusan BAN-PT No. 2336/SK/BAN- PT/AKRED/ S/X/2016). Program Studi Manajemen terakreditasi dengan Peringkat B (Keputusan BAN-PT No. 760/SK/BAN-PT/Akred/S/IV/2019). Program Studi Akuntansi terakreditasi dengan Peringkat B (Keputusan BAN-PT No. 664/SK/BAN-PT/Akred/S/IV/2019). Program Studi D3 Administrasi Perpajakan terakreditasi dengan Peringkat B (Keputusan BAN-PT No. 1451/SK/BAN-PT/Akred/Dipl-III/VIII/2016).
Terhitung sejak T.A. 2016/2017, semua program studi di lingkungan Fakultas Ekonomi telah melaksanakan kurikulum baru yang disebut dengan Kurikulum Berbasis Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI) Tahun 2016. Kurikulum baru ini adalah merupakan revisi dari Kurikulum Berbasis Kompetensi (KBK) Tahun 2009 yang dilaksanakan sampai dengan T.A. 2015/2016. Adapun dasar hukum dari revisi kurikulum tersebut antara lain adalah sebagai berikut :
- Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi, khususnya mengenai Kurikulum.
- Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 8 Tahun 2012 tentang Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia.
- Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 73 Tahun 2013 tentang Penerapan Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia Bidang Pendidikan Tinggi.
- Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 49 Tahun 2014 tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi (SN-DIKTI).
- Peraturan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi No. 44 Tahun 2015 tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi.
- Peraturan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi No. 62 Tahun 2016 tentang Sistem Penjaminan Mutu Pendidikan Tinggi.
- SK Rektor No. 56/SK/R/XI/2015 tanggal 12 Nopember 2015 tentang Panitia Penyusunan Kurikulum Berbasis Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI) Fakultas Ekonomi Universitas HKBP Nommensen.
Sesuai dengan program kerja Dekan periode 2018-2022, nama Fakultas Ekonomi diusulkan untuk diubah menjadi Fakultas Ekonomi dan Bisnis. Hal ini sejalan dengan aturan peraturan yang dikeluarkan oleh pemerintah sebagaimana tertuang dalam Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia No. 257/M/KPT/2017. Usulan perubahan ini telah disetujui oleh Senat Universitas HKBP Nommensen Medan dalam rapatnya pada Agustus 2019. Selanjutnya pimpinan UHN Medan mengajukan kepada Yayasan Universitas HKBP Nommensen untuk mendapat persetujuan. Namun surat keputusan (SK) perubahan nama tersebut baru dikeluarkan tanggal 6 Desember 2019 yang ditandatangani oleh Rektor Universitas HKBP Nommensen Medan dalam Surat Keputusan No.: 117/SK/R/XII/2019 setelah mendapat persetujuan dari pengurus Yayasan Universitas HKBP Nommensen. Surat persetujuan perubahan nama tersebut tercantum dalam Surat Pengurus Yayasan Universitas HKBP Nommensen No. 077/Pn-UHKBPN/C/XI/2019, tanggal 23 November 2019. Dengan demikian, keempat program studi sudah dinaungi Fakultas Ekonomi dan Bisnis UHN sesuai dengan nomenklatur yang dikeluarkan oleh pemerintah.