Visi UHN adalah "Menjadi Universitas Terkemuka Di Asia Tenggara Dalam Pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi Berlandaskan Kasih Untuk Tuhan Dan Ibu Pertiwi (Pro Deo et Patria)".
Sebagai jabarannya, Misi UHN difokuskan kepada pilar utama yaitu :

1. Melaksanakan Perguruan Tinggi Kristen untuk mewujudkan implementasi Tri Tugas Panggilan Gereja dalam mengembangkan keunggulan IPTEKS dan Budaya bagi kemajuan masyarakat Indonesia yang majemuk.
2. Menyelenggarakan pendidikan bermutu untuk menghasilkan sumber daya manusia yang mampu bersaing secara global.
3. Menyelenggarakan penelitian untuk mengembangkan sains dan teknologi yang memimpin pembangunan (Science and Technology Led Development).
4. Menyelenggarakan pengabdian kepada masyarakat dalam rangka upaya menghasilkan lulusan yang handal, berbudaya dan beretika sesuai motto ”Pro Deo et Patria”.
5. Menyelenggarakan kerjasama lokal, nasional dan internasional dalam rangka mengembangkan pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakat sekaligus mengembangkan budaya Batak sebagai aset nasional dan internasional.

Nilai Cordial UHN
Salah satu Tri Tugas Panggilan Gerejawi adalah pelayanan (Diakonia) dalam hal ini pelayanan bidang pendidikan tinggi yaitu Universitas HKBP Nommensen yang bersifat holistik (aspek rohani dan aspek jasmani). Oleh karena itu, persekutuan, kesaksian, dan pelayanan harus dilakukan penuh persahabatan. Dengan eksistensi UHN memiliki nilai ibadah "melayani bukan untuk dilayani" (Markus 10:45). Artinya, dalam pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi harus bersahabat melayani bukan untuk dilayani. Pelayanan bagi seluruh pemangku kepentingan dilakukan dengan cepat dan tepat dalam suasana nyaman, aman dan ramah. Semua Dosen, Pegawai dan Mahasiswa memahami dan melaksanakan nilai-nilai Pro Deo et Patria dengan penuh persahabatan dan kasih.

Tujuan UHN 
Adapun tujuan Universitas HKBP Nommensen (UHN) antara lain yaitu :

1. Membentuk cendekiawan yang memiliki nilai-nilai Nasionalisme dan Kristiani menjadi pemimpin bangsa yang berkualitas, bermanfaat bagi masyarakat dan mampu menerapkan nilai-nilai tersebut serta berdaya saing tinggi di Asia Tenggara.
2. Mengembangkan dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan, teknologi, seni dan budaya yang berjiwa Nasionalisme dan Kristiani melalui pendidikan dan pengajaran yang bermutu.
3. Turut serta membangun masyarakat di tingkat daerah, nasional dan Asia Tenggara berlandaskan jiwa Nasionalisme dan kasih Kristiani melalui penelitian yang unggul dan kompetitif.
4. Menghasilkan lulusan yang berkarakter Nasionalisme, Kristiani, kompetitif inovatif di bidangnya serta bermartabat sebagai bagian dari dominasi global yang didukung oleh kegiatan-kegiatan pengabdian kepada masyarakat.
5. Meningkatkan kerjasama dengan perguruan tinggi dan pemangku kepentingan lainnya di tingkat daerah, nasional dan internasional dalam bidang pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat sekaligus mendorong pengembangan kebudayaan Batak.

Falsafah UHN: Pro Deo et Patria (bagi Tuhan dan ibu pertiwi) yaitu berdasarkan kasih Kristiani dan semangat I.L. Nommensen, UHN memiliki komitmen yang tinggi untuk secara konsisten meningkatkan mutu pendidikan, penelitian, dan penerapan ilmu pengetahuan dan teknologi untuk meningkatkan kesejahteraan manusia dengan cara yang paling bertanggung jawab tanpa membedakan suku, agama, ras, dan golongan.

Berdasarkan pada visi, misi dan tujuan tersebut Program Pengembangan UHN tahun 2006 - 2010 menetapkan 9 butir strategis pengembangan yaitu :
1. Bidang Administrasi dan Tata Pamong (Governance)
Untuk menjadi universitas yang berkompetensi tinggi, UHN perlu meningkatkan strategi pengelolaan, perbaikan dalam mekanisme pengambilan keputusan dan pengelolaan administrasi yang professional. Tujuan akhirnya adalah untuk membuat struktur organisasi yang lebih fleksibel, yang merefleksikan sistem pasar pendidikan modern, yang dimulai dari tersedianya ketentuan/aturan dasar yang jelas dan mudah dioperasionalkan dalam kebijakan konkrit untuk diimplementasikan.

2. Bidang Akademik
Pengembangan bidang akademik difokuskan kepada peningkatan pelayanan kepada mahasiswa di bidang akademik dan fleksibilitas prodi dalam menyesuaikan jasa pendidikan yang ditawarkan sesuai kebutuhan dunia kerja dengan tujuan untuk mendekatkan program studi pada nilai tertinggi akreditasi dari BAN PT.

3. Bidang Kemahasiswaan dan Alumni
Diarahkan untuk menunjang kegiatan akademik dan mendekatkan kegiatan kemahasiswaan dengan lapangan kerja yang akan digelutinya setelah menamatkan perkuliahan tanpa mengabaikan pengembangan kreativitas sesuai dengan minat masing-masing mahasiswa. Sedangkan alumni diharapkan menjadi sumber umpan balik untuk perbaikan mutu dan kurikulum dan sebagai mitra dalam membangun jaringan dengan berbagai pihak untuk menunjang aktivitas akademik dan penyambung komunikasi dengan lembaga-lembaga penyedia lapangan kerja.

4. Bidang Pengembangan Sumberdaya Manusia
Bertujuan untuk peningkatan kualifikasi, kompetensi, dan professionalitas tenaga akademik dan tenaga administrasi yang dimulai dari perencanaan dan sistim rekrutmen yang dapat dipertanggungjawabkan hingga peningkatan kualifikasi melalui studi lanjut dan pelatihan.

5. Pengembangan Sarana dan Prasarana
Sarana dan prasarana untuk mendukung penyelenggaraan proses belajar mengajar dan kegiatan administratip harus terus ditingkatkan baik jumlah maupun kualitasnya sejalan dengan perkembangan teknologi dan mengikuti perkembangan jumlah mahasiswa.

6. Bidang Income Generating
Untuk mengimbangi semakin meningkatnya biaya penyelenggaraan proses belajar mengajar sementara situasi ekonomi masyarakat masih belum memungkinkan untuk peningkatan uang kuliah, maka kegiatan yang dapat menambah penerimaan akan semakin signifikan memberikan kontribusi finansial Universitas. Kegiatan yang diselenggarakan untuk income generating baik sebagai tujuan utama maupun sebagai by product pada dasarnya tidak terlepas dari pengaplikasian ilmu pengetahuan dan teknologi yang ada di Universitas oleh tenaga akademik dengan maupun tanpa bekerjasama dengan pihak lain.

7. Bidang Kemitraan
Tahun 1980-an Universitas HKBP Nommensen mengembangkan kemitraan yang luas dengan berbagai lembaga di dalam maupun di luar negeri. Kemitraan ini memberikan keuntungan bagi UHN berupa terbukanya kesempatan tukar-menukar tenaga akademik (expert exchange) maupun kerjasama pengadaan sarana prasarana penunjang kegiatan akademik. Untuk periode 2006 - 2010 kemitraan yang saling menguntungkan akan menjadi salah satu bidang yang mendapatkan perhatian besar. Kemitraan yang akan dibangun tidak terbatas hanya pada lembaga-lembaga pemerintah maupun lingkungan akademis, tetapi meluas hingga ke lembaga-lembaga keagamaan dalam rangka pengembangan SDM lembaga tersebut maupun dengan SLTA terpilih di Sumatera Utara dalam rangka memperbaiki mutu calon mahasiswa dan memperluas akses kesempatan belajar kepada mereka yang termarginalisasi.

8. Bidang Penelitian dan Pengabdian Kepada masyarakat
Salah satu sasaran UHN 2006 - 2010 adalah menyeimbangkan aktivitas pelayanan Universitas HKBP Nommensen antara pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat. Secara ideal dengan cara ini akan dapat diwujudkan pengajaran yang berbasis pada hasil penelitian dan kebutuhan masyarakat (research based and demand need learning) sementara dari sisi praktis hambatan untuk mencapai akreditasi tertinggi pada semua program studi yang diasuh UHN yaitu rendahnya publikasi ilmiah maupun pendaftaran HAKI yang bersumber dari diabaikannya aktivitas penelitian dan pengabdian pada masyarakat oleh lembaga maupun tenaga akademik dapat diatasi. Pengembangan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat ini merupakan bidang yang terintegrasi dengan bidang kemitraan, income generating dan tidak dapat dipisahkan dari bidang akademik.

9. Bidang Pembinaan Mental Spritual
Universitas HKBP Nommensen adalah Perguruan Tinggi milik lembaga keagamaan tetapi sifatnya terbuka dan umum. Sebagai Universitas yang kepemilikannya berlatar belakang keagamaan, pembinaan mental dan spiritual merupakan salah satu pilar UHN yang bertujuan untuk menghasilkan lulusan dan staf/pegawai yang memiliki effective habits yang merupakan kombinasi ketrampilan (skills), pengetahuan (knowledge), kemauan (desire) serta kualitas akhlak dan moral yang membentuk karakter. Dengan demikian kemajuan intelektual diimbangi dengan kemajuan mental spritual yang memadai.

Motto : Mengejar kecemerlangan dan memberi perhatian kepada golongan miskin dalam arti luas (to strive for excellence and pay attention to the poor in broad sense).

Pendayagunaan sumber daya dengan sebaik-baiknya meliputi :

1. Mempekerjakan dosen dan pegawai yang paling baik yang dapat diperoleh
2. Mengadakan dan menggunakan peralatan secara hemat
3. Menggunakan seluruh harta yang dimiliki secara optimum dan memeliharanya dengan sebaik-baiknya
4. Membina hubungan baik dengan berbagai pihak luar UHN dengan sasaran untuk mendukung keberhasilan UHN

Pendayagunaan berbagai jenis sumber daya tersebut akan diarahkan kepada peningkatan pengetahuan, keterampilan, dan keahlian masyarakat dengan cara :

1. Menyelenggarakan program pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat yang disesuaikan dengan kebutuhan masyarakat tersebut.
2. Menyesuaikan program pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakat terhadap perkembangan teknologi pasar.

Seluruh kegiatan didasarkan kepada kasih Kristiani yaitu :

1. Memberikan imbalan yang adil dan manusiawi bagi seluruh jenis sumberdaya yang digunakannya.
2. Memberlakukan berbagai aturan dan cara untuk menjamin mutu program pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat
3. Memperlakukan seluruh manusia yang berhubungan dengan UHN dengan seadil-adilnya tanpa mementingkan pribadi, keluarga, kelompok, atau golongan
4. Memberikan pelayanan yang terbaik bagi konsumen dengan pengertian bahwa yang terbaik adalah yang disyaratkan oleh pasar
5. Mengasihi orang yang berkepentingan terhadap UHN dengan kasih yang benar dan bukan dengan kasih semu